Sesuai Peraturan Menteri Kesehatan RI Nomor 33 tahun 2021 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Kantor Kesehatan Pelabuhan (KKP) disebutkan bahwa KKP merupakan salah satu Unit Pelaksanaan Teknis di Lingkungan Kementerian Kesehatan yang berada dibawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Pemberantasan Penyakit dan Penyegahan Lingkungan. KKP mempunyai tugas melaksanakan pencegahan masuk dan keluarnya penyakit karantina dan penyakit menular potensial wabah, kekarantinaan, pelayanan kesehatan terbatas di wilayah kerja pelabuhan dan lintas batas darat, serta pengendalian dampak kesehatan lingkungan. Upaya peningkatan pengetahuan dan keterampilan petugas melalui penyertaan dalam berbagai macam pelatihan teknis, administrasi, prinsip sistem perencanaan yang sesuai, monev secara teratur, koordinasi rutin, jejaring kerja dengan lintas program dan lintas sektor perlu dipertahankan serta selalu mencari alternatif lain yang dapat menunjang upaya tersebut.
Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas III Bengkulu mempunyai peran dan berkontribusi dalam tercapainya seluruh Visi dan Misi Presiden yang ditetapkan dalam arah Tujuan dan Sasaran Strategis Kementerian Kesehatan terutama dalam meningkatkan kualitas hidup manusia Indonesia melalui upaya preventif dan promotif sebagaimana tertuang dalam tugas pokok Kantor Kesehatan Pelabuhan yaitu melaksanakan pencegahan masuk dan keluarnya penyakit, penyakit potensial wabah, surveilans epidemiologi, kekarantinaan, pengendalian dampak kesehatan lingkungan, pelayanan kesehatan, pengawasan OMKABA serta pengamanan terhadap penyakit baru dan penyakit yang muncul kembali, bioterorisme, unsur biologi, kimia dan pengamanan radiasi di wilayah kerja bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat Negara.